Varanger museum IKS ble konsolidert i 2006, og i 2009 ble Sør-Varanger museum en del av selskapet. Sammenslåing er en del av Museumsreformen. Den enkelte enhet skal fortsatt ha nær kontakt med sitt lokalsamfunn, og det er viktig å bevare det lokale engasjement.
Varanger museum er organisert med de tre opprinnelige museer som avdelinger med egen avdelingsleder. Direktør har kontor i Vadsø. Avdelingene fører videre sine hovedarbeidsoppgaver som ansvarsmuseer for pomorhistorie, kvenhistorie og grenselandhistorie. Varanger museum samlet er et museum for grensekontakt og innvandring, og arbeider med utvikling av felles mål, planer og felles faglige prosjekter.
Museet har til sammen 57 bygninger med smått og stort. I tillegg tar det seg av vedlikehold ved flere kommunale bygg.
Museet har 20 fast ansatte, og midlertidig engasjerte på prosjekter. Det er et interkommunalt driftsselskap, der de tre kommunene Vardø, Vadsø og Sør-Varanger står som eiere av 1/3 hver.
Museets styre består av 2 representanter fra hver kommune samt en representant for de ansatte. Kommunene eier museets bygninger og samlinger, men i Vardø eies dette av en museumsforening.
Varanger museum har ny, felles hjemmeside: http://varangermuseum.no/